در دنیایی که در بازی Cortex Command ساخته شده است، انسان های زیادی هستند که تصمیم گرفته اند تا به علت بیشتر زنده ماندن و همچنین انجام سفر به فضا، اجزای طبیعی بدن خود را قطع کنند! اما هنوز مغز این انسان ها کار می کند و آن ها قادرند تا با هوش خود و با استفاده از ابزار آلات و ربات ها همه چیز را کنترل کنند. شما به عنوان مغز یکی از این افراد تصمیم خواهید گرفت که چه کارهایی انجام شود و همچنین بین ربات های مختلف سوئیچ کنید تا کارهای مورد نیاز پناهگاه شما و حتی تامین امنیت آن را انجام دهند و با دشمنان مبارزه کنند.
در محیط بازی هریک از کلید های ماوس و کلید هایی مانند A,E,S و ... کار خاصی را انجام می دهند. 

ویژگی های بازی Cortex command:
- تعیین میزان دشواری بازی
- محیط های مختلف
- انجام بازی در چند حالت
- ماموریت های متفاوت
- و ...